脈氣明點的修行屬於密乘圓滿次第的範疇，有些修行者對這種修身的方法不屑一顧，認為佛法的重點在於修心。其實，眾生的身、心是密切相連，互相影響的。
修止觀首先要調整身體的坐姿，按七支坐的要求打坐，然後用止的方法，平息身口意粗分的業，這是初步的修行。粗分的業是由身體造作的，它源於自心的無明，對境相分別執著，在行為上表現出強烈的取捨。因此在修行中培養自制力，克制身體的造作可以減少我們的業。譬如你一時嗔心很重，可以修相對的慈悲心把心轉移，儘量避免身口粗分的業。對於細分的業，即我們的習氣，深藏在阿賴耶識的種子田裡，要用觀的方法來對治。
在欲望面前你要有足夠的自制力。看歷史上那些才智過人、能戰勝千軍萬馬的英雄，往往戰勝不了色慾的誘惑。在大刀面前決不低頭的好漢，卻拜倒在女人腳下。
我們修行人也有生理上的反應。密乘講人體中有一種生命的再造體，源自父母的紅、白菩提，它們會在體內周期性地活動，形成生理的反應。但由於眾生的無明，不明白這是正常的生理現象，於是產生對性的需求。畜生道也一樣，像爬蟲類這麼遲鈍的眾生，也能找到配偶，這不用教，它自然就會了。對此，小乘法怎樣對治呢?當你覺得某個女人很好看，就把她觀成骷髏或臭皮囊，這樣就能打消你的貪心。有些人白天還可以轉念，可是到了晚上一睡著，夢裡就糊塗顛倒。因為這是與生俱來的習性，有周期性，所以很難對付。如果修不淨觀也無法對治貪慾心，該怎麼辦?佛陀為此補充制訂了很多戒律，如男女之間過午不能見面，雙方保持一定的距離，說話不能對著看，不能握著手，身體不能碰觸等等。然而，對於貪慾習氣特別重的人，身體再怎麼相隔也隔不了他的心。
在密乘中，身體上這些粗分的業是可以糾正的。由於是身體上的反應，要把身體調整好，但不能用捆綁等強制性的方法，不然對自身會造成嚴重的損害。密乘的見地與小乘是不一樣的，不可以把色身以及生理的反應看成是不淨的、邪惡的，所以在對治方法上，密乘與小乘有很大的差別。密乘各宗各派都特別注重調整身體，這是共同的要點，我們也再三強調金剛跏趺坐的必要性。學密法的人不會打坐，將難以成就!有人問：「上師啊，打坐腿痛怎麼辦?」我只能說：「你不坐就別想成佛了。」要知道，金剛跏趺坐不是靠一天兩天的工夫就能坐好，所謂「冰凍三尺非一日之寒」。
在採用金剛跏趺坐調整身體的過程中，最初我們會有一股熱的感覺，這種感覺是從密樂輪生起的。密樂輪位於肚臍下四指處，即男女精血活動的地方。我們說生命的再造體在活動的時候會有一種反應，這種反應不是慾念，而是人體生理的奧妙。生命體系有再造力，說明身體裡的精華猶在，是一種好現象。一般年紀越大，生命的再造力就越弱，而經常打坐的人即便到了年老還有明顯的再造力，這證明打坐可以增強身體的機能。大部分修行人都有一種錯誤的知見，認為生理上的反應是業障，自己修行了這麼長時間還有這種反應，可能白修了。有的僧人對我說：「上師，我出家受戒那麼多年，為什麼還有生理的反應，是不是業障太重?」其實沒有貪慾並不表示不能有生理的反應。無始以來，我們一直在經歷這種反應，而且都在錯覺中，因這些反應而產生貪染的行為。事實上，生理的反應與貪執的習性本身是兩回事。
人體的五脈輪中，密樂輪是密乘修行的重點所在，但有些修法並不傳授，惟恐一些行者對樂的覺受產生誤解。我們說瑜伽生理的反應越強，樂的覺受就越大，好比火越燒越旺，不會烤火的人會被燒傷，會烤火的人則受益更大。一些年紀稍大的人在雙盤坐時，下行氣一定要往上提才能有熱。當熱氣逐漸進入中脈，頂輪的菩提甘露自然滴降，越滴越熱，就像火與油，油滴得越快越多，火越旺，這叫拙火，拙火就是熱的意思。修止到這時候才能生定，俗稱拙火定，但這種定只是相對的定，還不是正定。正定是不退失的定，又稱三摩地。噶舉派特別注重修拙火，每個人墊著很大的布墊就開始修學。有的練出來了，可能跳到房頂這麼高;有的騰起來時還要求把雙腿散開，降下時再盤起來，就這樣反覆地練。我們對這些都不要求，只要雙盤坐就可以了。
在盤坐時，經常把下行氣往上提，融入中脈，這樣能消除嫉妒心;雙手結平等印於臍下四指處，氣往上一提一壓，這樣能消除嗔恨心;把脊椎伸直能消除愚痴;把頸部調節好能消除貪慾;眼睛微閉看鼻樑處，能消除傲慢心。調節身體的坐姿和氣脈就有這些殊勝的功德。
瑪爾巴上師概括了禪修中身體坐姿的五種要義：如箭直立、如鐵錨之鉤、如方格之交叉、如鐵鏈之捆綁、如銅鑼般居中。
第一、如箭直立
這裡講的是脊椎伸直，如箭一樣沒有歪曲。為什麼要求這樣?是為了讓中脈保持垂直，氣和明點可以通暢無礙。如果身體歪斜、鉤著或仰著都不行。我們說直心是道場，道心不直，法就不可能通達。同樣的道理，中脈不直，明點就無法通達。關於中脈的說法，有的說是外白內紅，有的說是外藍內紅，這只是觀修的方便，其實中脈是無相的，看不到的。在打坐時，很多人看到自身有光，在死的時候也有出光的反應，身體還會縮小，這些與脈氣明點的調節有關。從內皈依講，中脈是本尊，氣是空行，明點是上師，這三者是修行成就的方便。
密乘講人體有三大脈，即中脈、左脈、右脈。左右兩脈輔助著中脈，如同身體不可缺少的兩隻手。中脈在頂輪處有三十二個脈結，就像一把撐開立置的傘，脈口是圓的，朝下。在喉輪處有十六個脈結，就像倒置的傘一樣，脈口朝上。心輪處有八個脈結，八幅法輪其實是描繪心輪，像傘一樣脈口朝下。臍輪處有六十四個脈結，是脈結最多的地方，像倒置的傘一樣脈口朝上。密樂輪處有三十二個脈結，與頂輪數相同，像傘一樣脈口朝下。脈結不是網狀的，中間是空的。我曾請教過一些上師對於中脈的體驗，有的說像晃動的感覺，有的說像粘住了一樣，在打通中脈的時候會聽到聲音，有通脈的感覺。大家想一想，為什麼緣起的脈沒有相，卻會動，會發出聲響?這種覺受是妙不可言的，大成就者在修行中肯定有所體悟，這表明自身的壇城奇妙無比!如果僅從理論上分析，你會想不通，就像禪宗「心動幡動」的公案里，究竟是心動還是幡動?從道理上講一般人都會說是幡動，真正來說卻是心動，因為你的心如果不起分別，怎麼知道幡在動呢?所以這些覺受，還是要靠個人在實修中去體會。
第二、如鐵錨之鉤
中脈是直的，大小如中指一般粗，左右兩脈如麥稈一般細，走向與中脈平行直上，但到了兩鼻孔處，走向就像彎鉤。這樣能令粗的氣息與意識得以平息，粗的雜念不會出來。很多人感覺在觀修時雜念紛飛，可以用這種竅訣來對治。
第三、如方格之交叉
金剛跏趺坐雙腿盤起來的樣子，就像方格一樣方方正正地交叉，令身體穩固不動，這樣能清除修行中的很多障礙，尤其能防止明點的漏失。
第四、如鐵鏈般捆綁
長時間打坐的修行人都配有一條紅色的禪修繩，也叫禪帶。如果你白天、晚上都是雙盤坐著，這條禪帶能起到良好的輔助作用，它可以輔助膝蓋往上拉的力量，還有拉直身體的力量，從而使身體保持固定的姿式，不會散架。
第五、如銅鑼般居中
打坐前要把坐墊鋪好，坐在上面不能太涼，密樂輪要往上提，肛門像銅鑼的中心，始終往上提。這樣有什麼好處呢?能使氣往中脈里走，不往外、往下漏失。就這樣脈氣在運轉，明點往上提，身體會有熱、樂、舒服的感覺。這種初樂的感覺，就是生命再造體的活動產生的，男女之間的欲樂也是生命再造體的作用，二者的差別就在於後者會因貪執而漏失明點。修行中對初樂的覺受是肯定的，但這只是起點，四灌頂中還會漸次出現初喜、勝喜、極喜、俱生喜等妙樂，就這樣逐步地提升，最終證得空樂雙運的本體。
瑪爾巴上師讚嘆說，以上五種調整身體的竅訣是一切竅訣中最殊勝的方便。你只要如實地修，妄念會自然減少，昏沉、掉舉也會減少，心容易得定。這就是身體的緣起，是一種修行的捷徑，令你迅速證悟的方便。