三法印的成立過程
「一切行無常，一切法無我，涅槃寂滅」三句並列的經文，最早出現於《雜阿含經·第262經》
阿含聖典中與法印有關是《雜阿含·第80經》——經意為：透過「空」、「無相」、「無所有」三種三昧作為入手，最後導歸到以觀「無我我所」而究竟離慢習、得見清淨的修行方法，名為「聖法印」。
由於空等三三昧即是「三解脫門」，其內涵與「一切行無常」等三法句之精義是相應的，因此，三法句後來被定名為「三法印」有可能最先起源於此經。
其他有關以「聖法印」為經名的，還有西晉竺法護所譯的《佛說聖法印經》及趙宋施護譯的《佛說法印經》，從這二部經的內容看來，「法印」以及「空性」被賦有相當密切的關係，並被明確地提出來了。
而「三法印」之定型句則最早出現於《阿毗達磨法蘊足論》「緣起品」[為說一切有部最原始的論書]及《根本說一切有部毗奈耶》[為說一切有部之廣律]。
最後龍樹在《大智度論》中，又系統地總結了三法印以及由此深入概括的一實相印等法印思想，「佛法印有三種：一者一切有為法念念生滅皆無常，二者一切法無我，三者寂滅涅盤。」[ 《大智度論》卷二十二]
《雜阿含經·第80經》最先開始討論聖法印，而漢傳的《雜阿含經》為說一切有部之誦本;竺法護與施護都出身於北方迦濕彌羅的說一切有部[ 任繼愈，《中國佛教史》第二章第二節《犍陀羅和迦濕彌羅的佛教及說一切有部 》];又三法印之定型句均出現在說一切有部的早期論書及廣律中。
南傳佛教代表性論典《清淨道論》的「說行道智見清淨品」中，雖然亦有三法印之實質內容，但並未安立「法印」之名相以及依此衍生判教的系統。
龍樹《大智度論》卷廿三說：「摩訶衍中有一實，今何以說三實?答曰：佛說三種實法印，廣說則四種，略說則一種。」論的意思為：佛陀是說三種實法印，大乘則略說為「一實法印」——一實相印是指一切法空性，盡括並印定一切佛法，反映了初期大乘經的精神。
綜此，幾乎可以推論「三法印」應系說一切有部所獨自結集傳承，後來成為印度大陸的部派佛教以及之後的北傳大乘佛教之定論。
三法印與一實相印的會通
一般的說法為小乘說三法印、大乘說一實相印，阿含經及部派聲聞佛教確實是多說三法印乃至四法印[ 《增一阿含經·卷十八》：「……今有四法本末。我躬自知之。而作證於四部之眾.天上.人中。云何為四。一者一切諸行皆悉無常。我今知之。於四部之眾.天上.人中而作證。二者一切諸行苦。三者一切諸行無我。四者涅槃休息。我今知之。於四部之眾。於天上.人中而作證。是謂。比丘。四法之本。是故於天上人中而獨得尊。]，而初期大乘經論則說一實相印為究竟了義。
首先，部派佛教關於如何具體的抉擇經論或眾多的祖師說，以說一切有部的根本論書《阿毗達磨大毗婆沙論》的看法為代表，該論在開頭即說：「素怛纜次第所顯……，毗奈耶緣起所顯……;阿毗達磨性相所顯，謂阿毗達磨應求諸法真實性相。」[ 《阿毗達磨大毗婆沙論·第一卷》]
比照「佛語具三相」的內容，以上這段話可以作這樣的詮釋：現存的經典有許多是不了義經：現有的戒律之內容也有可能因時空因素而改變;唯有不違失法性的阿毗達磨[ 「阿毗達磨」，譯為「對法」，即現觀法，直接親切的體驗法，而且最古典而原始的阿毗達磨所討論的即是「三十七道品」等聖道修證的內容，所以有觀點認為阿毗達摩是直暢解脫道的。]才是直接探究諸法的真實面貌，既然如此，那麼從阿毗達摩所推導出來的原則，認為「不違失法性」、「入佛法相」、「以聖道修證為中心」，就應該是判斷佛法真實義的準繩。
從阿毗達摩本身的部派思想來說，其判別佛法真實義的諸多結論，已經相當具有了部派思想本身的後出特性，比如《婆沙論》中最後舉揚的「諸法真實性相」，對於「法性」的定位和判定本身，已經開始脫離了根本佛教的法印思想——部派佛教逐漸改變了根本佛教對於無我的闡釋，在阿含和尼柯耶的最晚集出的部分，隱約已可看出這種傾向，例如《長阿含經·第1經》提到，「若學決定法，知諸法無我，此為法中上，智慧轉法輪」，其中所表述的「無我」等，從原始佛教在實際禪修中的無我體驗狀態，變成了一種「描述實相的哲學立場」，這已是隱約帶著部派佛教哲學的色彩了。
從此，部派佛教已經開始了例如「時間」的相對意義一類的討論，比如部派佛教認為時間是透過沙斗中沙量之變化而顯現;同樣的，如果要體驗「諸行無常」的永恆意義，必須先觀察那具體的五蘊生滅現象，體會了「五蘊熾盛」的七苦後，從諸多苦果當中，分析抉擇其為「無常故苦」而肯定不移於「諸行無常」的普遍性真理——部派佛教對於三法印的討論已經開始進入了哲學思辨的「普遍性」之中。
之後，大小乘開始激烈的共諍，《般若經》又有「觀無常生滅，為相似般若，非真般若」之批評，因此兩種法印變得隔礙而不相容，龍樹在《大智度論》中曾也試圖做出融通和會合。
《雜阿含經·第296經》及《雜阿含經·第299經》上記載：佛陀以其自身的經驗告訴弟子們，他自己是覺知「緣起法」而成正覺，也以此教化大眾，並宣說「緣起法」非其創造，也非其他任何人所創，它是存在於世間真諦，如不顛倒的普遍性軌律與真理，人人皆可依此而成就聖道，這樣的真理被稱譽為「法性、法住、法界」。《雜阿含經·第293經》，佛陀又說「緣起法」是甚深難通達，又名「賢聖出世空相應緣起法」。
以上三部經，可以得出通往聖賢解脫道的緣起法是必須與「空」相應，也透露了「緣起法」即是判定佛法真實義的準繩。
《雜阿含·232經》中的「眼空，常恆不變易法空，我所空，所以者何?此性自爾。」描述六根所觸對的世間的狀態，而「此性自爾」可以說與《雜阿含經·296經》的「法性」之意義相通，因此232經表達了五蘊六根的生命緣起法之共通性為：空無「常恆法」，也空無「我法」，正說明了「諸行無常」與「諸法無我」是世間的真相及普遍軌律。
如《雜阿含·第270經》所提示的「無常想者，能建立無我想。聖弟子住無我想，心離我慢，順得涅槃。」
《雜阿含經·第273經》的「空諸行;常恆住不變易法空，空無我我所。」更清楚的道出，空的當下即是無常無我的展現。
至於「涅槃」的空，《雜阿含》的看法為：「至於貪瞋痴」[ 《雜阿含經·第567經》];「一切諸行空寂，不可得，受盡、離欲、涅槃」[ 《雜阿含經·第262經》];《雜阿含經·第335經》也有「第一義空」的暗示。《大智度論》也認為「無常」等二法印為因，「涅槃寂滅」為果。
從以上諸經，再結合前面提到的《雜阿含經·第80經》，可以看出大乘佛教解說「空」與無常、無我法印的關係的清晰路徑──「常」空與「我」空，基於「緣起法」為佛法的基礎原則及緣起法的「空相應」性質，一實相印與三法印，在大乘標舉的「空義」之下開始彼此銷融。
因此，排比《雜阿含》的諸多經意，並最后綜合闡釋，再來看龍樹的《大智度論》之對於三法印的結論：「無生無滅及生滅，其實是一，說有廣略」;「佛說三種實法印，廣說則四種，略說則一種」。——可以看出大乘所講的「一實相印」，一切法空性，即是「世間一切緣起法，其法性均與空相應」的「緣起即空」，並且大乘因此也自認為一實相印也是秉承佛陀的本懷，並且密切呼應阿含的根本佛教精神。