對於因果的道理，我們要謹慎取捨，千萬不能以「萬法皆空」、「究竟無善無惡」、「萬法唯心造」等作為藉口，而輕視因果。雖然在勝義的本智空性，沒有因果可言，但對於凡夫俗子而言，人人都被五毒煩惱遮障，仍然會顯現一切事物，因果也是這樣顯現的。種什麼因，得什麼果，千萬不能藐視因果，否則就會吃盡苦頭。
蓮師曾對藏王赤松德贊說：「我的密乘見解極為重要，但行為不能偏墮於見解方面，否則，見解上一切萬法都不存在，把善法和惡法都解為空，見解也會成為魔見。同樣的，見解也不能偏墮於行為方面，否則，行為上有實執，見解上如果也是如此，就會被實相和有相所束縛，這樣就沒有解脫的機會。」防止見解變成魔見，防止行為變成魔行，空性修持與因果取捨都要重視。
蓮師又說：「是故見比虛空高，取捨因果較粉細。」意思是，就算有再高的實相見解，在行為上，取捨因果還是要謹慎入微，就算一點點小惡也不違犯，非常微小的善法也要去做。
有人曾問帕單巴仁波切：「已經證悟空性的人，造了罪業，是有害還是無害?」帕單巴仁波切說：「真正證悟空性的人，是不會造罪業的。因為證悟空性和生起大悲心是同時存在的。」一個修行人，理應修持正法，而修持正法，應以因果舍取為主要，見解和行為要一致且不能悖離。
藏傳佛教白教的第二代祖師密勒日巴大師，年輕的時候殺過很多人，還經常使用巫術作惡。但他晚年之時，證悟空性，成為一代大成就者。有些弟子心存疑問：大師曾作惡甚多，為何還能成就?他的弟子日瓊巴是從印度留學回來的佛學博士，他就經常與密勒日巴大師辨論。大師是苦行出身，多不以言語辨之，而是以神通力讓弟子信服。
一次，密勒日巴大師問日瓊巴：「虛空真實存在否?」日瓊巴說，「虛空為空。」大師就開始如敲鑼一般，敲打起天空，噹噹作響，這讓佛學博士日瓊巴目瞪口呆。大師又問，「石頭真實否?」日瓊巴說：「當然是真。」尊者就鑽進堅硬的石頭裡，又從頑石另一端鑽出來。大師還在牆壁與牛角等看似實物之中自由穿梭，用這樣的方式調伏能言善辨的日瓊巴，滅掉了博士弟子的囂張。最後，日瓊巴成為他最有名的大弟子之一，如尊者一般獲得成就。
密勒日巴大師在覺悟後，辨才無礙、口若懸河。著名的《密勒日巴道歌》唱出來的，都是他實修的甚深境界。弟子們對尊者的崇拜日益增長，有弟子殷切請問：「上師啊!您一定是金剛持佛的轉世，否則曾殺過那麼多人，照理說應下地獄，怎麼可能一生修行，就成為這麼偉大的成就者呢?」他們認為尊者一定是佛菩薩的化身，從一個大罪人到即身成就，只是一種示現而已。
密勒日巴尊者卻說：「你們有這種想法，是對上師具有信心的一種表現，但從正法而言，卻是一種邪見。正因為我知道依照因果業報，自己一定會下地獄，所以才盡最大的心力去懺悔，精進修行，也因此才有了今天的成就。我有能力做到，你們也可以做到。對於佛陀所傳授的義理，我從來沒有絲毫的懷疑。如果你們能對因果生起誠信，就要像我這樣虔信精進，所有凡夫也都能做到，也會生起同樣的功德，到時候，就都可以稱為金剛持或佛菩薩的化身了。」
密勒日巴尊者的回答，指出了弟子們對因果沒有具足全然的信心，才無法像他一樣精進;更以自身一生的經歷，勉勵弟子們只要誠信因果，精進修行，最終一定會獲得成就。