具有大士道的發心、對境、時間等三種特點的皈依，又可分為因皈依和果皈依。龍欽巴大師在《心性休息》中，指出了因皈依和果皈依的區別：「為因發誓因皈依，為果發誓果皈依。」
一、因皈依
因皈依，是以具足三種特點——佛為本師、法為修道、僧為助伴而皈依。或者說，因皈依是緣於外在顯現的三寶，希望自相續也能獲得同樣功德的一種立誓。
顯宗認為，我們目前不具備佛、法、僧三寶的功德，無法救度自己，更不可能救度眾生，必須依靠外在三寶的庇護和加持力，作為暫時的依怙和引導而皈依。因此以佛為導師，法為修學內容，僧為修學助伴，破除人我二執，獲得佛果。從最初的修行，直到證悟究竟法身為止，都必須不間斷地依靠三寶，也就是說，皈依三寶是可以獲得佛果的因，所以稱為「因皈依」。因此，顯宗又稱為因相乘。
因皈依，又分為相似的承諾皈依、真實的隨修道皈依：
1. 相似的承諾皈依：了知佛是本師、法是道、僧是助伴，具足發心、對境、時間等三種特點而皈依，並立下承諾和誓言，念誦十萬遍的皈依偈。
2. 真實隨修道的皈依：是依照上面所說的誓言承諾，通過實際運用佛是本師、法是道、僧是修道助伴的方式，如是作想而實修。
二、果皈依
果皈依，是指顯宗的願菩提心或特殊意樂，也就是願一切眾生都能證得四身五智的自性尊佛果。或者說，欲求佛果而皈依三寶，也可以稱為果皈依。
而密宗的果皈依，是指三種自然智慧——本體空性、自性光明、大悲周遍無二無別，心性的本體就是法身，始終無生無滅。
密宗是以果位作為修道，通過化身、報身道用的「方便生起次第」，以及法身道用的「智慧圓滿次第」的方式，慢慢串習，讓佛性自然顯露，證悟究竟的光明法身，不假外求。證悟了這樣的實相智慧，就能得到究竟的救護。所以，對本來清淨的心性本體、法身境界所作的皈依，稱為果皈依。
不管顯宗或密宗，皈依的最終目的都是證得佛果。但修行方法不同，成就速度也有快慢。顯宗依賴外境比較緩慢，密宗依止心性本體，會比較迅速。當然，這是非常難修的，要修到究竟證悟的成就，需要廣博的知識與堅定不移的信心，所以，我們常說，修持密法需要上上根器的人。
大圓滿前行儀軌里的四句皈依文，總括了外、內、密、極密的皈依，包含了「因皈依」和「果皈依」的意義，是由外皈依的對境，依次往內依止，非常的善巧殊勝。