普陀山自從開山以來，從未聞有人因朝普陀山進香，遭巨浪落海而死，更未有來山進香的香船在海里翻沉，或溺死了多少香客。甚至有存心捨身投海，以報佛恩的人都不得死(相反的不是朝山進香的船，往往在海中遇險，好多的大輪船沉翻)。許多的事跡就像神話一樣，一般不信佛者往往說是訛傳，但有一件事情卻由不得你不信，那就是孫中山先生親睹靈異。
至今保存在普陀山有孫中山親筆簽名的《游普陀志奇》記載：
「余因察看象山，舟山軍港，順道趣游普陀山，同行者為胡君漢民，鄧君孟碩，周君佩箴，朱君卓文，及浙江民政廳秘書陳君去病，所乘建康艦艦長則任君光宇也，抵普陀山驕陽已斜，相率登岸……已而旋赴慧濟寺，才一遙矚，奇觀現矣!則見寺前恍矗立一偉麗之牌樓，仙葩組綿，寶幡舞風，而奇僧數十，窺厥狀似乎來迎客者。殊訝其儀觀之盛，備舉之捷!轉行益瞭然，見其中有一大圓輪，盤旋極速。莫識其成以何質，運以何力!方感想間，忽杳然無跡，則已過去處矣。既入慧濟寺，亟詢之同游者，均無所睹，遂詫以為奇不已。余腦藏中，素無神異思想，竟不知是何靈境……歸至普濟寺晚餐，了余、道階，精宣佛理，與之談，令人悠然意遠矣。民國五年八月二十五日孫文志。」(孫中山先生親筆墨寶，現珍藏普濟寺客堂)
抗戰期間(1944年7月間)，有日軍七八千人來山，沿海各庵皆駐軍官，士兵則在海濱沙灘上露營而宿，于山本無損害，但每天到四周各小島搜來牛羊雞鴨等在山上宰殺，血污名山(普陀在日人未至之前，從無葷腥進山)。一天晚上，忽然在善財礁外，發現紅燈，日軍用探照燈視之，霧露之中，似覺有同盟軍艦來攻的樣子，遂開炮射擊，不料一炮開出去之後，忽然一燈變多燈，在海中往來不息。日軍認為真有盟軍，一連開了數炮，奇怪的是海中竟現無數紅燈，漫向千步沙營地而來，其燈漸明，照見岸上人面瞭然，但不達岸，這時日人知道是菩薩顯化，不喜他們在名山道場隨便胡來，因此一齊跪下向著紅燈拜禱，三日後即自動撤兵而去。
也在那個時期，上海有一初信佛者，過去無惡不作，平日宰牛為業，雖聞印光大師之名皈依了佛門，仍然惡習難除。有一次到普陀山進香，聽人說到梵音洞去可看前世，便隨人一道去看，旁人看到的都是各種不同的佛菩薩，唯有他一人看到一隻黃牛在洞中現痛苦狀，悚然不安，心想，難道我前世是牛?回寺後他把所見告訴印光大師，印老平靜說道：「這倒不是你前世，而是你的來生，恐怕你死後要做這隻牛。你殺過牛沒有?……」
抗日勝利後，1948年農曆閏二月十一日，當時的總統府資政、中國佛教會理事長章嘉法師，到普陀山，先往前後寺廟參拜觀音菩薩後，再到梵音洞，當時有前後寺的知客均陪同前往，及其同來隨員一共十九人，大師向洞禮拜後，洞口忽然放光一道，就在光中現出觀音大士金身色相來，同來大眾均能看見，另有該山警察所長陳世初先生，隨護在側，也是一同親見大士現身，莫不歡喜，嘆為希有。
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